自動メッセージに、予約確定時のメールに記載されいている「お問い合わせ（キャンセルや変更について）」のURLを含めることはできますか

はい、できます。

自動メッセージの本文入力欄に「電子メールに含める予約情報」よりBooking Portal URLを選択して挿入すると、メールに顧客用予約管理ページへの遷移ボタンが表示されます。

自動メッセージを使って御礼メールやリマインドメールを送信する方法はこちらをご参照ください。